یکی از آسیب‏های مهم و درعین‏حال ناپیدایی که حوزه را تهدید می‏کند آفتی است که حضرت آیه اللّه جوادی آملی از آن به نهال‏چینی تعبیر فرموده‏اند.

طلبه پس از چند سال تحصیل حوزوی، توانایی‏های چندی به‏دست می‏آورد و آمادگی اولیه برای رفع نیازهای جامعه پیدا می‏کند. در این شرایط دست تقاضای مردم شهرها و روستاها، ارگان‏ها، نهادها، مدارس، دانشگاه‌ها و مراکز فرهنگی یا تحقیقاتی جهت امامت جماعت، تبلیغ، تدریس، پژوهش، تشکیل کانون‏های فرهنگی، ارائه مقاله یا طرح‏های مذهبی، ارتباط با جوانان، ادارة مراکز دینی، تدوین جزوه، تألیف کتاب و.. . به ‏سوی طلبه دراز می‏شود و از او دعوت به همکاری می‏گردد. طلبه با مشاهدة نیاز فراوان جامعه و توان خود، احساس ضرورت می‏کند و جذب این فعالیت‏ها می‏شود.
طلبه‏ای که تنها چند سال در حوزه تحصیل کرده، در این موقعیت به‏ منزله نهالی است که تازه به ‏ثمر نشسته و چند میوه نورس، زیبا، خوشرنگ و جذاب را به رهگذران می‏نمایاند. اگر این نهال از رشد و تکامل بازداشته شود تا پایان، همین میوه‏ها را خواهد داد.
طلبه نیز اگر در این موقعیت از خدمت ارزنده و میوه زیبایی که ارائه کرده است احساس رضایت کند و از زمینه رشد و تحصیل خود جدا شود تا پایان، میوه‏هایی کوچک و اندک از همین دست خواهد داشت. و در مقابلِ بادهای ناملایم مقاومتش درهم خواهد شکست. ولی اگر ارتباط این نهال با زمینة علمی و معنوی خود محفوظ بماند و مرتب از آن زمینه تغذیه گردد به رشد و پویش خود ادامه می‏دهد و به درخت بالغ تناوری تبدیل می‏شود که علاوه بر میوه‏های آبدار فراوان ـ بسیار بیشتر از آنچه ابتدا عرضه می‏کرد ـ سایة پهناوری بر جامعه می‏افکند و تکیه‏گاه علمی و معنوی جمعی گسترده می‏شود. ریشه و تنه و ساقه‏ای مستحکم به‏دست می‏آورد که در طوفان فتنه‏ها قامت استوار خود خم نکند و آفات شبهات، آسیبش نرساند و با شکستن چند شاخه ضعیف از پای‏ نیفتد.
حوزه علمیه در شرایط کنونی نهال‏چینی و نهال‏فروشی میکند. یعنی نیروهای خود را در موقعیتی که تازه به بار نشسته، یکباره جدا و عرضه می‏کند. درحالی‏که با در نظر گرفتن نیاز آینده جوامع بشری و توانمندی بالقوة طلبه باید به‏گونه‏ای دیگر برنامه‏ریزی کرد. زیرا رسالت سنگین حوزه، بر دوش نیروهای ضعیف قرار نمی‏گیرد. توان نیروهای حوزوی باید متناسب با آن وظایف عظیم فعال شود.