مباحثه به چند روش صورت می گیرد که عبارتند از:

1- روش روخوانی: در این روش یک نفر از روی نوشته خود می خواند و دیگری گوش می دهد این نحوه مباحثه گر چه برای تبادل بعضی از اطلاعات علمی مناسب است اما برای دروس علمی حوزه چندان مناسب نیست و مورد توجه و استقبال حوزویان نیز نمی باشد بسیاری از فواید و ویژگیهای مباحثه نیز در این روش جایگاهی ندارد.

2- روش تقریر: در این روش یک نفر مطالب استاد و کتاب را که قبلا مطالعه کرده بدون نوشته برای طرف دیگر تقریر می کند و به سؤال های او هم پاسخ می دهد. طرف مقابل نیز سعی دارد به گفته ها و ادعاهای او اشکال کند و مطالب را به صورت مستدل و علمی از وی بخواهد. این امور موجب پیدایش بسیاری از فواید مباحثه و ویژگی های خاص آن است به همین جهت بسیاری از مباحثه های دو یا سه نفری حوزویان از این نوع است.

3- روش نقد و بررسی: در این روش افراد بعد از نقل کلمات استاد آنها را مورد نقد و بررسی قرار داده و بعد از مراجعه به منابع دیگر به تفکر و تامل پیرامون آن می پرداند. این روش برای متعلمین دروس خارج موجب تقویت قوه استنباط می شود.

4- روش تحقیقی جمعی: در این روش چند نفر یک موضوع را انتخاب و مورد مطالعه و بررسی قرار می دهند آنگاه در یک جلسه علمی یافته های خود را با دیگران در میان می گذارند و نظرات همدیگر را جرح و تعدیل می کنند و از نظرات خود دفاع می کنند تا به واقع و حقیقت مطلب برسند. این روش بیشتر در بین صاحبان فضل و علم و کسانی که در زمینه موضوعی خاص به صورت تخصصی کسب علم می کنند، متعارف است.

(روزنامه جمهوری اسلامی (27/10/1378)، مقاله آقای حسین شفیعی زاده، (صفحه حوزه (با اضافات)))