مقام معظم رهبری (مدظله العالی) با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.

حضرت آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای رهبر معظّم انقلاب اسلامی در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیّدمصطفی خمینی در آستانه‌ی چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیّتی برجسته‌ دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرئت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرّفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله العالی) به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی در حادثه‌ی مهم دستگیری امام (رحمه‌الله) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.

رهبر انقلاب اسلامی (مدظله العالی) درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی در اوّل آبان سال ۱۳۵۶ را نیز زمینه‌ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه‌ی مواجهه‌ی امام (رحمه‌الله) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیّه‌ی الهی دانستند، بخشی از شخصیّت عظیم امام بزرگوار را در تحمّل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله العالی) با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیّت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی (رحمه‌الله) بود امّا ذرّه‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.

ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بشدّت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرّض به شخصیّت امام را برنمی‌تابید.

منبع: پایگاه اطلاع رسانی دفتر حفظ ونشرآثار حضرت آیت الله العظمی امام خامنه ای (مدظله العالی)-۱۳۹۶/۰۷/۳۰