بدون تردید در طول مدت رهبری بابرکت حضرت آیت الله خامنه هیچ شخصیتی همچون علامه محمد تقی مصباح یزدی مورد تمجید و تایید رهبر انقلاب قرار نگرفته است.دقت و تامل در جنس تعابیر معظم له در مورد آیت الله مصباح نشان میدهد ایشان جایگاه یگانه ای برای آیت الله مصباح در فضای فکری و سیاسی کشور قائل هستند. مقام معظم رهبری تاکنون بارها و بارها در تجلیل از شخصیت آیت الله مصباح سخنانی را بیان داشته اند.بازخوانی مطلب زیر عنایت ویژه آقا به فیلسوف بصیر انقلاب را ثابت میکند:

برای دعوت از آقای مصباح اصرار کنید!
رهبر انقلاب در مورخ 9 بهمن 1370 در حکم انتصاب آیت الله مصباح به عضویت شورای عالی مجمع جهانی اهل بیت (ع) ایشان را در شمار برجستگان رجال علمی و چهره های برجسته ی عالم تشیع نام می برند. همچنین پس از راه اندازی رادیو معارف صدای جمهوری اسلامی، در اولین دیدار اعضای این گروه با معظم له، درخصوص استفاده ی رادیو معارف از شخصیت های برجسته ی دینی در برنامه های خود، درخصوص شخصیت علمی آیت الله مصباح می فرمایند:
«از لحاظ معارف عقلانی و فلسفی اسلامی، ما امروز چه کسی را داریم؟ مثلاً آقای مصباح و آقای جوادی آملی را در قم داریم آنچه شما ارایه می دهید، باید از سطح اینها کمتر نباشد.» (در دیدار با اعضای گروه معارف اسلامی صدای جمهوری اسلامی، 13 اسفند 1370) در ادامه ی این دیدار، مقام معظم رهبری با اشاره به فضل و دانش آیت الله مصباح، لزوم مشاوره با ایشان را لازم می شمارند و حتی بر استفاده از شاگردان ایشان نیز تاکید می ورزند:

«شما باید یک گروه مشاوره ی محتوایی از مناسب ترین شخصیت هایی که امروز می توانید پیدا کنید، داشته باشید مثلاً از آقای مصباح دعوت کنید و اصرار هم بکنید یا مثلاً از شاگردان آقای مصباح دعوت کنید خوشبختانه یکی از موفقیت های آقای مصباح یزدی در قم، این است که ایشان برخلاف خیلی از فضلای ما که فضلشان در خودشان منحصر مانده، فضلش در شاگردان خوب سرریز شده.» (همان)

برکت ماندگار حوزه علمیه
رهبر معظم انقلاب اسلامی همچنین در هفتم مهر 1374 در حکم انتصاب حضرت آیت الله مصباح یزدی به ریاست موسسه ی امام خمینی (ره) چنین می نگارند:

«اکنون که بحمدالله موسسه ی آموزشی و پژوهشی امام خمینی – اعلی الله مقامه – در سایه ی تلاش پیگیر و موفق جنابعالی رسمیت یافته و به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسیده است، جنابعالی را که از برکات ماندگار حوزه ی علمیه ی قم و از چهره های موصوف و معروف به علم و عمل و جد و ابتکار می باشید به ریاست و مدیریت این موسسه منصوب می کنم … با توجه به احاطه و نکته دانی آن جناب، خود را از توصیه به کارهای بایسته بی نیاز می دانم و شما و همه ی همکاران هوشمند و دلسوزتان را به لطف و هدایت و فضل مستمر پروردگار متعال می سپارم.» (ر.ک. اندیشه ی ماندگار، ص 211).

مقام معظم رهبری در اوج حملاتی که در محافل و نشریات مختلف به آیت الله مصباح وارد می شد، فرمودند:

«بنده نزدیک به چهل سال است که جناب آقای مصباح را می شناسم و به ایشان به عنوان یک فقیه، فیلسوف، متفکر و صاحبنظر در مسائل اساسی اسلام ارادت قلبی دارم اگر خداوند متعال به نسل کنونی ما این توفیق را نداد که از شخصیت هایی مانند علامه طباطبایی و شهید مطهری استفاده کند، اما به لطف خدا این شخصیت عزیز و عظیم القدر، خلاء آن عزیزان را در زمان ما پر می کند.» (روزنامه ی جوان، 14 شهریور 78، صص1-2)

صاحب حرف رسا و نافذ،منطق قوی و مستحکم
مقام معظم رهبری در جمع دانشجویان شرکت کننده در طرح ولایت در سال 1379 فرمودند:

«این هجوم های تبلیغاتی را که به شخصیت های برجسته، به انسان های والا و با اخلاق برجسته می کنند، اینها همه اش نشان دهنده ی اهداف و نیات دشمن است. یک نفر مثل جناب آقای مصباح که حقیقتاً این شخصیت عزیز، جزو شخصیت هایی است که همه ی دلسوزان اسلام و معارف اسلامی از اعماق دل بایستی قدردان و سپاسگزار این مرد عزیز باشند، مورد هجوم تبلیغاتی قرار می گیرند … حرف رسا و نافذ، منطق قوی و مستحکم هر جایی که باشد، آنجا را دشمن زود تشخیص می دهد، چون حسابگر است دشمن آنجا را خوب می شناسد و به مقابله اش می آید با مرحوم شهید مطهری هم همین جوری برخورد کردند امروز شهید مطهری در دنیا نیست البته امروز هم بعضی ها هم شهید مطهری را رها نمی کنند حتی امروز هم به او تهاجم می کنند لکن آن روزی که زنده بود، آن کسانی که بودند و دیده اند، می دانند که با آن شهید عزیز چه کردند؛ چه اهانت ها، چه ناشایست ها و ناسزاها که به آنچه ره ی مطهر و منور زده شد…» (مجله ی اشراق اندیشه، ش اول، هفته نامه ی پرتو سخن، 2 آذر 79.)

بسیار متشکریم از خدای متعال به خاطر شما
حضرت آیت الله خامنه ای در تاریخ 6 تیر 1379 نیز به منزل آیت الله مصباح یزدی در قم رفته و دقایقی را در جمع ایشان و خانواده ی مکرمشان حضور یافتند از جمله مطالبی که در این جلسه مطرح شد، این بود که مقام معظم رهبری خطاب به ایشان فرمودند:

«روزنامه ی کیهان یک مقاله ی زیبا خطاب به شما نوشته – البته اسم نیاورده، ولی مخاطبش شما هستید درست همان چیزی که آدم در دلش هست، همان را درباره ی شما مطرح کرده. حتماً بگیرید و بخوانید (ر.ک: روزنامه ی کیهان، 4 تیر 1379) این یک روشنفکر مسلمان است، یک جوان روشنفکر مسلمان است، یک مسطوره ای است، یک نمونه ای است از کسانی که درباره ی جنابعالی و کار بزرگی که امروز شما انجام می دهید، احساسشان و درکشان این است … به هر حال، ما از خدا بسیار سپاسگزاریم به خاطر توفیقاتی که به شما داده، بسیار متشکریم از خدای متعال به خاطر شما.»

مقام معظم رهبری در این دیدار در رابطه با امتیازات روش استاد در ارایه ی مطالب و سخنان خویش فرمودند:

«این پرداخت منطقی که شما دارید، مبارک است رنگ کاربردی، تحقیقات کاربردی، رنگ روز، رنگ نیاز زمان، اینکه انسان هم دچار تکرار و حرف های گفته شده و سست نشود، حرف منطقی و قوی بزند و هم مته ای از آن نیازهای روز و مسائل رایج سیاسی و غیرسیاسی و فرهنگی – سیاسی در آن وجود داشته باشد، این خیلی خوب است، پرداخت خوبی است این جور سیاحت مطلب خودش یک هنر است.»

مطالب کتاب شما نه مفید بلکه ضروری بود
مقام معظم رهبری همچنین، با اشاره به کتاب «آذرخشی دیگر از آسمان کربلا» که حاوی مجموعه سخنرانی های آیت الله مصباح در محرم 1421 قمری – سال 1379 – است، فرمودند:
«بنده این کتاب مربوط به عاشورا تقریباً همه اش را خواندم مطالبی است لازم، نمی شود گفت مفید، بالاتر از مفید (است). مطالب ضروری و لازم است از آن مطالبی هم هست که مخاطب را عصبانی می کند یک وقتی یک مطلبی است که حالا (چندان اثری از این جهت ندارد) یک وقت هم یک مطلبی است که حقیقتاً عصبانی می شوند و برمی خیزند، این کتاب از این نوع بود این طور بازکردن قضایای عاشورا، به روز کردن این قضایا خیلی مفید است. در این 7-8 جلسه، بعضی از مطالب مطالبی است که غیر از شما شاید کس دیگری نتواند، حداقل این طور نمی تواند، اصلش را هم حل کنیم لااقل این است که به این خوبی نمی تواند (از عهده ی بحث برآید) (نوار ویدئویی این دیدار موجود است)

مبانی فکری اسلام در دست ایشان است
در تاریخ 5 تیر 1380 نیز مقام معظم رهبری در دیدار جمعی از نونهالان و نوجوانان حافظ و قاری قرآن کریم فرمودند:

«من خواهش می کنم ایشان (حجت الاسلام طباطبایی) و مجموعه ی دست اندرکار به این نکته توجه کنند که پابه پای پیشرفت معلومات قرآنی و دینی اینها (حافظان و قاریان خردسال) آگاهی های استدلالی و عمق بخشیدن استدلالی به اعتقادات اینها را هم حتماً در برنامه قرار بدهید… به نظر من، یکی از چیزهایی که می تواند خیلی کمک کند به این قضیه، این است که از کتابهای شهید مطهری، از معارفی که امروز بزرگانی از قبیل آقای مصباح و دیگران که واقعاً مبانی فکری اسلام دست اینهاست؛ از اینها استفاده کنند حتی می شود اینها را ساده کرد، شما می تواند این کار را بکنید.» (هفته نامه ی پرتو سخن، 13 تیر 1380.)

منبع فکر و اندیشه ی بی غل و غش معارف اسلامی
مقام معظم رهبری بار دیگر در جمع دانشجویان و دانش آموزان طرح ولایت در سال 1381 فرمودند:

«لازم است تشکر کنم از معلمان و استادان و دست اندرکاران و مدیران این تلاش فرهنگی که بسیار باارزش است و مخصوصاً از شخص جناب آقای مصباح که حقیقتاً یکی از وجود های مبارک و مغتنم در دوره ی ما هستند و منبع فکر و اندیشه ی بی غل و غش معارف اسلامی.ان شاءالله خداوند به ایشان و دیگر دست اندرکاران توفیق ادامه ی این خدمت بسیار باارزش را عنایت کند و وسیله ی بهره مندی هر چه بیشتر، گسترده تر و عمیق تر جوانان را از این سرچشمه های معرفت فراهم کند.» (همان، 4 شهریور 1381، ش143).

شخصیت علمی فکری روشنفکری برجسته/عقبه تئوریک نظام

حضرت آیت الله خامنه ای همچنین در دیدار سال 1384 با مسئولان دفتر تبلغیات اسلامی حوزه ی علمیه قم خواستار توجه این دفتر به عقبه های تئوریک نظام شدند:
«توجه کنید که مجموعه ای از متفکران، علما و سابقه دارهای در امر دین، مدعی عقبه ی تئوریک نظام هستند و آن را تشکیل می دهند. اگر شما خود را از مجموعه ی کسانی که در باب دین و مساله ی دین و معرفت دینی مدعی اند، بر کنار داشتید، ناقص خواهید ماند؛ لااقل بی اطلاع خواهید ماند، که این خودش اشکال بزرگی است شما این مجموعه را چگونه تعریف کرده اید؟ الان ما در حوزه ی قم علمایی داریم، بزرگانی داریم، صاحب نظرانی داریم، اندیشه پردازان یا تئوریسین ها و ایدئولوگ هایی داریم که با دفتر تبلیغات هیچ ارتباطی ندارند.ما شخصیت علمی فکری روشنفکری برجسته ای مثل آقای مصباح یزدی را در قم داریم؛ یا یک ملای برجسته ی قوی مثل آقای جوادی آملی را در قم داریم؛ در بین آقایان مراجع هم کسانی هستند که در مسائل دینی حقیقتاً روشنفکر و صاحب نظر و صاحب فکر هستند؛ نه امروز و دیروز، از چهل سال پیش در بین بزرگان حوزه ما آنها را می شناسیم که من نمی خواهم اسم بیاورم، ارتباط شما با آنها چگونه تعریف می شود؟ شما عقبه ی فکری نظام هستید، آنها هم هستند و بسیاری دیگر هم همینطور… سعی کنید این عقبه ی تئوریک نظام بودن تبدیل نشود به یک پستوی بسته و انصحاری که بی خبر از اطراف خودش باشد.» (همان، 20 مهر 1384، شماره ی 299، ص8)

تجلیل از فضل، اخلاص و تقوای آیت‌الله مصباح یزدی
در جریان سفر تاریخی مقام معظم رهبری به قم در سال 89 مدیر، مسئولان و اعضای هیئت‌های علمی مؤسسه آموزشی، پژوهشی امام خمینی با رهبر معظم انقلاب اسلامی دیدار کردند.حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار با ابراز خرسندی فراوان از تلاش‌های عمیق مؤسسه آموزشی، پژوهشی امام خمینی ابراز داشتند: «این مؤسسه خوب، جامع و کامل می‌تواند از لحاظ تلاش پیگیر، خستگی ناپذیر، خالصانه و عالمانه الگویی برای حوزه باشد.»ایشان با تجلیل از فضل، اخلاص و تقوای آیت‌الله مصباح یزدی، وجود این کمالات را در مدیریت یک موسسه موجب افزایش برکات الهی خواندند و افزودند: «خدمات و تلاش‌های این مؤسسه، به شکل صحیح اطلاع رسانی شود.»(پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری)

این سه در ایشان جمع است:علم،بصیرت،صفا
رهبر معظم انقلاب اسلامی در یکی از آخرین سفرهای غیررسمی خود به شهر مقدس قم (اسفند ماه 89 )که با هدف بازدید از بزرگان و مراجع عظام تقلید صورت گرفته است، با حضور در منزل آیت الله مصباح یزدی، نزدیک به سی دقیقه با ایشان و خانواده و فرزندان وی به گفتگو پرداختند. در این دیدار که مشابه حضور پیشین ایشان در بیت آیت الله مصباح یزدی، سرشار از ابراز احساسات و عواطف خانواده آیت الله مصباح یزدی بود، رهبر معظم انقلاب نکاتی را پیرامون ویژگی های شخصیتی آیت الله مصباح یزدی بیان فرموده و به ابراز احساسات خانواده ایشان پاسخ گفتند.
رهبر فرزانه انقلاب همچنین اظهار داشتند:« بنده هم به سهم خودم قدر آقای مصباح را می‌دانم. واقعا می‌دانم که ایشان در کشور و برای اسلام چه وزنه‌ای هستند و حقا و انصافا ما امروز نظیر ایشان را – حالا به این تعبیر بگوییم – خیلی نادر نظیر آقای مصباح ممکن است وجود داشته باشد با این وزانت علمی و عمق علمی و احاطه و وسعت و با این آگاهی و بینش و صفا.»
رهبر معظم انقلاب تصریح کردند: «این سه جهت در ایشان جمع است؛ هم علم، هم بصیرت به معنای حقیقی کلمه و هم صفا. این سه تا با هم در وجود ایشان خیلی ارزشمند است. خداوند متعال انشاء ‌ا… وجود ایشان را برای ما و انقلاب محفوظ بدارد و وجود ایشان را سالم بدارد تا همه بتوانند از برکات ایشان استفاده نمایند. »