در ششم تیر ماه سال 1360 مقام معظم رهبری توسط گروه فرقان در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد قرار گرفتند، اما تقدیر الهی چنین بود كه ایشان برای آینده نظام حفظ شوند و به عنوان افتخار جانبازان در خیل جانبازان انقلاب اسلامی قرار گیرند.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی، توطئه‌های استكبار جهانی علیه نظام نوپای اسلامی فزونی گرفت. یكی از این توطئه‌ها، تجهیز و تقویت گروهك‌ها و جریان‌های ضد انقلاب بود. این گروهكهای منحرف كه با سوءاستفاده از موقعیت در اوایل انقلاب به جمع‌آوری و دزدی و غارت سلاح و مهمات پرداخته بودند، شروع به بمب‌گذاری در گوشه و كنار كشور و ترور روحانیون مبارز و انقلابی و حتی مردم عادی كردند و شخصیتهای ارزشمندی را به شهادت رساندند.
یكی از این گروهك‌ها،‌ گروهك ضاله‌ی فرقان بود كه با اندیشه التقاطی و منحرف خود در ترور شخصیتهای ارزشمند نظام قدم پیش نهاد. از جمله اشخاص ترور شده توسط این گروه می‌توان به سپهبد قرنی، شهید مطهری، شهید حاج مهدی عراقی، آیت‌الله قاضی طباطبایی و استاد مفتح اشاره كرد.
شرح ما وقع  به این قرار بود که در روز 6 تیر ماه 1360، ‌حضرت آیت‌الله خامنه‌ای(نماینده امام(ره) در شورای عالی دفاع و  امام جمعه تهران ) در مسجد ابوذر تهران پس از نماز ظهر، جهت پاسخ به پرسشهای مردم پشت تریبون قرار گرفتند و هنگامی که صمیمانه در حال جواب گویی به سوالات مردم بودند ناگهان ضبط صوت منفجر شد، انفجار ضبط صوت بمب‌گذاری شده باعث شد از سمت راست بدن ایشان مورد اصابت تركشها قرار گرفتند. روی قسمتی از ضبط صوت كه بعدا در محل انفجار پیدا شده بود عبارت «هدیه گروه فرقان»‌ كه با ماژیك نوشته شده بود به چشم می‌خورد. ساعتی بعد  مسوول انتظامی منطقه 12  تهران  اعلام کرد: «بمبی که جلوی تریبون جاسازی شده بود خوشبختانه به طور کامل عمل نکرده و این از نظر کارشناسان معجزه است. و آقای  خامنه ای  با هلیکوپتر به بیمارستان قلب مهدی رضایی منتقل شده است.»
پس از انفجار، ایشان که به بیمارستان منتقل شده بودند مورد عمل جراحی قرار گرفتند و  اراده خدا بر این تعلق گرفته بود كه ایشان برای آینده نظام حفظ شوند و به عنوان افتخار جانبازان در خیل جانبازان انقلاب اسلامی قرار گرفتند.
حضرت امام خمینی (ره) در تلگرامی به این مضمون خاطر نشان کردند: “جناب حجت الاسلام خامنه ای،  دامت افاضاته، خداوند متعال را شکر که دشمنان اسلام را از گروه ها و اشخاص احمق قرار داده است و خداوند را شکر که از ابتدای انقلاب شکوهمند اسلامی هر چه نقشه کشیدند و توطئه چیدند و هر سخنرانی که کردند، ملت فداکار را منسجم تر و پیوند ها را مستحکم تر نمود و مصداق لازال یوید هذا الدین بالرجل الفاجرتحقق پیدا کرد. اینان هرجا سخن گفتند خود را رسواتر کردند وهرچه مقاله نوشتند ملت را بیدارتر نمودند وهرچه شخصیتها را ترورنمودند قدرت مقاومت را در صفوف فشرده ملت بالاتر بردند. اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم (ص) و خاندان حسین ابن علی (ع) هستید و جرمی جزخدمت به اسلام وکشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار درجبهه جنگ و معلمی آموزنده درمحراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز درصحنه انقلاب می باشید … با سوء قصد به شماعواطف میلیونها متعهد را در سراسرکشوربلکه جهان جریحه دار نمودند اینان آنقدر از بینش سیاسی بی نصیبند که بی درنگ پس از سخنان شما درمجلس وجمعه وپیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است. اینان در این عمل غیر انسانی به جای برانگیختن رعب،  عزم میلیونها مسلمان را مصممتر و صفوف آنان را فشر ده تر نمودند .آیا با این اعمال وحشیانه و جرایم ناشیانه وقت آن نرسیده است که جوانان عزیز فریب خورده ازدام خیانت اینان رها شوند…
من به  شما خامنه ای عزیز تبریک می گویم که در جبهه ها ی نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم “.